La zona del valle de los Pericos fue una de las primeras en ser colonizadas por los españoles durante el siglo XVI, prueba de ello es que la zona ya era llamada con ese nombre un tiempo antes de la fundación de San Salvador de Jujuy. Varios españoles fueron beneficiados con los reparto de tierras de estas zonas en esa etapa, las cuales fueron cultivadas fundamentalmente con maíz, viñedos y frutales. La ubicación en la estratégica ruta hacia Lima, favoreció el desarrollo de la zona, que luego se convirtió en una importante productora de mulas. Esta zona era conocida como el “valle de los pericos”, por la gran cantidades de estas aves (vulgarmente llamamos loros).

Aunque las localidades de Perico de San Antonio y el Carmen de Perico fueron fundadas un siglo antes, la población más próspera del valle no sería fundada sino hasta el siglo XX, cuando la Legislatura Provincial crea mediante la Ley N°227 la comisión municipal de Estación Perico el día 29 de octubre de 1913. Durante el año 1910, comienza la construcción de dos líneas de ferrocarril que confluyen en Perico: la primera comunicaba a la ciudad de ciudad de San Salvador de Jujuy con Buenos Aires, y la segunda nace aquí, para llegar hasta la ciudad salteña de Pocitos (actualmente Salvador Mazza), en el límite con Bolivia. Es entonces cuando la zona comienza a ser llamada Estación Perico, aunque también se la conoció como senda de Medina y Juan domingo Perón. La Línea de ferrocarril conformo una zona conocida en la provincia como el Ramal, sobre el cual se desarrollaron las ciudades con más crecimiento en la provincia (como San Pedro de Jujuy y Libertador General San Martín), Ciudad Perico puede considerarse una de ellas ya que se ubica en la cabecera del ramal.

El 19 de abril de 1967 el gobernador de facto de Jujuy Darío Arias inauguró el aeropuerto internacional nombrado en ese entonces como El Cadillal, cuyo nombre seria cambiado al de Horacio Guzmán años más tarde como homenaje a quien fuera gobernador de la provincia de Jujuy en dos oportunidades.

Ese mismo día la localidad recibe el nombre de Ciudad Perico. Mientras tanto la producción tabacalera seguía creciendo, pasando a formar uno de los pilares productivos de la provincia, y en 1969 se forma la Cooperativa de Tabacaleros de Jujuy, que fue la primera exportadora de tabaco Blue Virginia del país. Estos dos hechos fueron muy importantes en la vida de la ciudad, que casi triplico su población entre los años 1980 y 2001.